Këshilli i Lartë Gjyqësor është një tjetër institucion i drejtësisë që nuk ka pranuar të dërgojë përfaqësues në komisionin "Xhafaj". Burime pranë këtij Këshilli thanë për VNA se kanë dorëzuar pranë Kuvendit disa propozime për ndryshime ligjore dhe presin që këto të shqyrtohen, duke qenë të gatshëm të japin propozime apo mendime. Ndërkohë, kanë caktuar një pikë kontakti me Kuvendin, por kanë refuzuar të dërgojnë përfaqësues në Komision. I vetmi institucion që deri më tani ka vendosur të ulet në tavolinë me arkitektin e reformës, Fatmir Xhafaj, i cili po tenton të vërë nën kontroll institucionet e pavarura, veçanërisht SPAK, është Këshilli i Lartë i Prokurorisë. Në këtë tavolinë janë caktuar të ulen anëtarët Arta Mandro dhe Vat Stakaj. Më herët, SPAK, Prokuroria e Përgjithshme dhe ILD njoftuan se refuzojnë të bëhen pjesë e komisionit "Xhafaj".
