Më 10 korrik 1968 u inagurua në Shkodër ekspozita ateiste me titull “Mbi rolin reaksionar të fesë” e cila qëndroi e hapur për 5 vjet. Ajo ishte konceptuar edhe si ekspozitë shëtitëse në fshatra, malësi dhe zona industriale.
Në prag të punimeve të Kongresit VII të gruas që do të zhvillohej në Shkodër (në Katedralen e Shën Shtjefnit të kthyer në Pallat Sporti) më 9 Qershor 1973, ekspozita u shndërrua në Muze Ateist, i cili u vendos në një godinë në qendër të qytetit të Shkodrës. Pushteti i kohës u mburr me këtë Muze, sepse sipas tyre ishte i vetmi i këtij lloji në Botë. Në hyrje të muzeut u vendos citati i Marksit: "Feja është opium për popullin". Hapësira ekspozuese ishte e ndarë në të dy katet e godinës dhe trajtonte tema të ndryshme.
Dy pavionë ekspozues ishin të vendosur në katin e parë dhe kishin të bënin me “traditën e popullit shqiptar në luftën kundër fesë dhe klerit” dhe me “lëvizjen e revolucionare popullore të vitit 1967, kundër fesë dhe bazës materiale të saj”. Në katin e dytë ishin të vendosur tre pavionë të tjerë ekspozues, që kishin të bënim me “karakterin anti-shkencor dhe reaksionar të ideologjisë fetare”, “me fenë si vegël politike të klasave sunduese dhe pushtuese” dhe me “dështimin e veprimtarisë kundërevolucionare të klerit pas pushtimit”.
Në stendat e secilit pavion ishin ekspozuar, dokumenta, foto, materiale të ndryshme që synonin të evidentonin rolin armiqësor dhe reaksionar të klerit, sidomos atij katolik, si shërbëtor i Vatikanit dhe i imperializmit. Po ashtu ky muze kishte edhe një ekspozitë lëvizëse të përbërë nga 23 stenda, e cila ekspozohej në zona të ndryshme jo vetëm të Shkodrës, por edhe Shqipërisë.
Vizitorët e këtij muzeu ishin nxënës shkollash, kolektive pune, anëtarë të partive komuniste të vendeve të tjera që vizitonin Shqipërinë, si dhe turistë të huaj.
Muzeu Ateist qëndroi i hapur deri më 13 dhjetor të vitit 1990. Godina ku ishte i vendosur ky muze u sulmua dhe u tentua të shkatërrohej, në të njëjtën ditë kur në Shkodër ndodhi protesta për rrëzimin e bustit të Enver Hoxhës.
